Für die gezielte Ausgabe eines Stacktraces aus einem Java Threaddumps kommt der Flip-Flop Operator von Perl genau richtig.
Zuerst die native Thread Id heraussuchen (zum Beispiel mit top und drücken von H). Dann die Id in hex umwandeln und anschließend den Threaddump durch perl jagen.
jstack $java_pid | perl -ne 'print if /0xFFFF/ .. /^$/'
Wobei java_pid die pid des Java Prozesses ist und FFFF der hex Wert der Thread Id ist.